System MIKROS zabezpieczony jest poprzez użycie redundancji (systemu zapasowego) serwerów, torów komunikacyjnych oraz instalacji pomiarowych. Bezpieczeństwo danych gwarantują również zautomatyzowane kopie zapasowe. System posiada możliwość definicji wielu poziomów uprawnień dla użytkowników co chroni przed nieautoryzowanym dostępem do danych.
